(1643-1646)
Летом 1639 года от пустынного о.Анзер, что у монастыря Соловецкого, отчалила маленькая лодка с иеромонахом Никоном. Путь Никон задумал держать в Кожеезерский монастырь. Он добрался туда только через два года – в 1641 году. Игумен Иона с радостью принял его в число братии. В качестве вклада в монастырь отдал Никон две переписанные им книги: «Полуустав» и «Канонник» — все что у него было.
Никон испросил благословения на пустынножительство. Почитая прп. Никодима Кожеезерского, он стал подражать его подвигам. В XIX веке в обители указывали паломникам место его келии при устье реки Виленьги. Там еще сохранялись остатки пещеры, в которой подвизался Никон. Полтора года провел здесь Никон и снискал уважение среди братии монастыря. Когда в 1642 году умер игумен Иона, братия избрала Никона его преемником.
При игумене Никоне духовный расцвет монастыря соединился с внешним процветанием. К братии Никон был строг, сам подавая пример другим. При нем число братии умножилось до 100 человек.
В правление обителью игумена Никона иноком (князем) Боголепом Львовым было составлено полное житие преподобного Никодима.
Лопский остров был соединен с берегом дамбой. Монастырь разрастался, украшался новыми постройками, получал многочисленные богатые вклады и широко благотворил окрестным жителям.
За три года игуменства Никон добился шести жалованных царских грамот для монастыря. Даже за обедом вспоминал государь о Кожеезерской обители, так как выловленную кожеезерскими монахами семгу подавали на царскую трапезу.
Во многом такая милость Божия изливалась на монастырь по трудам предыдущих игуменов – прп. Авраамия и Ионы, а также по молитвенному предстательству прп. Никодима.
В 1647 году игумен Никон отправился в Москву по нуждам монастыря на поклон к молодому царю Алексею Михайловичу. Просьбу монастыря царь исполнил, но сам Никон в обитель больше не вернулся – такова была царская воля.
Никон стал архимандритом Новоспасского монастыря, затем Новгородским митрополитом и наконец – Всероссийским Патриархом. Вступив на патриарший престол, Никон не забывал о невольно оставленной им обители.
Во время патриаршества Никона и его трудами был причтен к лику святых прп. Никодим Кожеезерский. Службу северному отшельнику и чудотворцу составили два мужа из Сербской земли: Макарий, митрополит Гревенский и авва Феодосий (см. канон прп. Никодиму).