Создание Воскресенского ставропитального монастыря (больше известного как Новый Иерусалим) было акцией политического характера. Монастырь был задуман как центр православия — в первой половине XVII века Российское государство интенсивно развивалось, включая в свой состав новые территории. Актуальной задачей было воссоединение с Россией украинских и белорусских земель, а также укрепление влияния на Балканах. Для этого было необходимо унифицировать церковные обряды, в которых за сотни лет накопилось немало различий — зрела церковная реформа.
Разрабатывалась концепция Москвы как Третьего Рима — мощного политического и религиозного центра. Этому и должна была способствовать новая святыня, строящаяся под Москвой.
Инициатором создания Нового Иерусалима был патриарх Никон. Концепция строительства заключалась в том, чтобы на берегах подмосковной реки Истры воссоздать в уменьшенном виде ландшафт палестинского Иерусалима. В этом ландшафте должны были быть представлены основные иерусалимские святыни, связанные с евангельскими событиями.
В качестве центрального звена ландшафта был взят изгиб реки Истры, сходный с аналогичным изгибом Иордана близ Иерусалима. Внутри истринской излучины был заложен собственно монастырь, символизирующий собой великий город Палестины. Семь крепостных башен монастыря соответствовали городским воротам древнего Иерусалима; им были даны соответствующие названия: Гефсиманская, Сионская, Давидов дом, Иноплеменничья, Баруха, Ефремова, Дамасская. В окрестностях монастыря появились урочища с палестинскими названиями: Елеон, Вифания, Капернаум, гора Фавор и т. д. Объекты монастырского комплекса воспроизводили те или иные объекты палестинского Иерусалима — например, среди реликвий была копия камня, отваленного от гроба Господня.
Центральным объектом нового сакрального пространства стал Воскресенский собор. По замыслу создателей, он должен был в точности воспроизводить Храм Гроба Господня в Иерусалиме. В качестве образца русские архитекторы использовали кипарисовую модель, привезенную в Москву иерусалимским Патриархом Паисием (эта модель до сих пор хранится в монастыре).
Таким образом, создавалась как бы ландшафтная икона Иерусалимских мест, связанных с Евангельскими событиями. Духовная концепция Новоиерусалимского комплекса выражена следующей надписью XVIII века, начертанной при входе в монастырь: Всякая душа благочестивая, желающая пречудный храм Воскресения Христова, иже в Иерусалиме, видети и тамо в нем сущим святым местам поклонити-ся, но ради дальнего расстояния оного дойти не могущая, созерцай сюда вшедши и разумей внутрь заключенных вещей душеполезную тайну, иже Спаситель твой тамо между неверными, здесь же среди благочестивых христиан в воспоминание спасителевых страстей, смерти и тридневного Воскресения, в храме Ново-Иерусалимском представляет.
Создавая Новый Иерусалим, русские священнослужители и зодчие держали в уме и еще один образ — символ Небесного Града Иерусалима. Искусствоведами высказывалась точка зрения, что многочисленные украшения подмосковного Воскресенского собора (эти украшения отсутствуют у его прототипа — палестинского храма Воскресения) призваны подчеркнуть райскую, небесную сущность Нового Иерусалима.
Задумывая новую святыню как копию уже существовавшего божественного прототипа, патриарх Никон действовал вполне в рамках общемировых традиций создания сакрального пространства. Принцип что наверху, то и внизу имел широкое распространение у многих народов и в разные исторические эпохи.
Патриарх Никон, задумавший постройку Нового Иерусалима, не только встал во главе масштабных государственно-религиозных преобразований, но сделался соправителем царя Алексея Михайловича. Новый Иерусалим превратился в своего рода штаб-квартиру реформаторов. Однако единомыслие царя и патриарха продолжалось недолго. В 1656 году премудрая двоица распалась. Никон оставил Москву, местом пребывания опального патриарха стал скит в Новом Иерусалиме. В 1666 году Никон был осужден, лишен сана и сослан в Ферапонтов монастырь. Умер он в 1681 голу в Ярославле на обратном пути из ссылки и погребен, опять же, в Новоиерусалимском монастыре.
Прерванное в связи со ссылкой Патриарха строительство возобновилось в 1678 году и велось под руководством его учеников, архимандритов Германа, Никифора, Никанора и строителя Сергея Турчанинова. В XVIII—XIX веках сооружения монастыря частично перестраивались в стиле барокко и классицизма (архитекторы Мичурин, Казаков, Тон).
В 1919 году монастырь был закрыт; в его стенах разместился Московский областной краеведческий музей, что спасло Новый Иерусалим от разграбления.
Во время войны Новый Иерусалим был почти полностью разрушен фашистами. 10 декабря 1941 года, накануне отступления, эсэсовцы из дивизии Дас Райх взорвали все главные постройки монастыря, а территорию заминировали. Данные о варварском разрушении фашистами Новоиерусалимского монастыря были включены в обвинительное заключение на Нюрнбергском процессе.
С 1956 года начались восстановительные и реставрационные работы. В конце 1990-х годов были сняты леса с Воскресенского собора.
Центральный вход монастыря традиционно для русского церковного зодчества выполнен в виде надвратной церкви, названной Входоиерусалимской (архитектор Яков Бухвостов, постройка конца XVII века). К церкви примыкает галерея, а вокруг колокольни устроена прекрасная обзорная площадка.
Внутри Воскресенского собора на настоящий момент продолжаются реставрационные работы (до сих пор не восполнены потери времен войны). Восстановление внутреннего убранства собора — дело весьма кропотливое: только алтарей здесь существовало 365, по числу дней в году. В одном из пределов собора похоронен патриарх Никон, рядом с его белокаменным надгробием установлена плита со стихотворной эпитафией.
Среди сооружений комплекса каменные палаты (скит) патриарха Никона, находящиеся в ГефсимаН-ском салу. Под степами монастыря бьет святой источник.